In der Regel sind bei der Bioresonanz-Therapie keine Nebenwirkungen zu erwarten. Gelegentlich kann es jedoch, ähnlich wie bei der Homöopathie, zu einer vorübergehenden leichten Erstverschlimmerung kommen. Diese Reaktion ist oft ein positives Anzeichen dafür, dass im Körper Veränderungen stattfinden. Es zeigt, dass sich etwas im Organismus bewegt und reguliert.